水产养殖学科1984年获硕士学位授予权，1998年获博士学位授予权，2002年教育部批准为国家重点学科，2003年国家批准设立水产一级学科博士后科研流动站。水产养殖学学科成为学校第一个拥有本科生、硕士生、博士生和博士后流动站的学科体系。2014年水产学科入选上海市高峰学科建设序列。2017年9月，国家 “双一流”建设高校及建设学科名单，学校入选一流学科建设高校，建设学科为水产。2017年底，全国第四轮学科评估结果公布，我校“水产”学科获A+评级。
科学研究的重大突破与理论构建
朱元鼎与孟庆闻提出一个新的中国软骨鱼类分类系统，于1979 年出版专著《中国软骨鱼类侧线管系统以及罗伦瓮和罗伦管系统的研究》（上海科学技术出版社），获国家自然科学奖三等奖。孟庆闻、苏锦祥、缪学祖编著的《鱼类分类学》（中国农业出版社，1995），是首次采用纳尔逊（Nelson）鱼类分类系统的专著，在国内鱼类学界产生广泛影响。在鱼类分类研究中共发现鱼类新种有70 余种、新属7 个，是我国发现海洋鱼类新物种最多的研究机构之一。
1982年，李思发创建水产动物种质资源研究室，开创中国水产动物种质资源研究的先河，带领团队育成团头鲂“浦江1 号”、“新吉富”罗非鱼、“吉丽”罗非鱼、“康乐蚌”、“申龙1 号”瓯江彩鲤等新品种，在国内外学术界和产业界都产生较大影响，成为我国水产动物种质资源研究和种质创新的基地。李思发等对四大家鱼等种质资源调查发现长江种群最优，为后续种质创新提供科学依据和物质基础，为我国种质资源保护和水产种苗工程建设提供重要决策依据，指导建立国家级水产良种场20 多个。
开展“七五”至“八五”期间农业部重点科研项目池塘养鱼大面积高产稳产基础理论研究,找出高产池塘生态因子和养鱼生产各主要因素的参数及其变动的规律，建立起中国池塘养鱼的理论体系。
1980年，陈国宜完成的关于坛紫菜自由丝状体的培养和直接采苗的研究属国内首创。严兴洪在世界上完成首例江蓠原生质体成株培养，1992年获得在法国召开的第十四届国际海藻学术大会的青年优秀论文一等奖；在世界上首次获得大量条斑紫菜人工色素突变体，获得2000 年度日本藻类学会最优秀论文奖；首次发现坛紫菜叶状体的雌雄个体均存在单性生殖繁殖后代现象，发现坛紫菜生活史中的减数分裂发生位置，揭示坛紫菜叶状体的性细胞分化规律，创建坛紫菜单性良种选育技术，选育出我国首个具有知识产权的紫菜良种——坛紫菜“申福1 号”。
重要科技成果及其影响
进入21 世纪，水产学科获得科研项目超过1000 项，其中国家973项目、973前期项目、国家科技支撑计划项目、863 项目、948 项目、国家自然科学基金重点项目、面上项目、上海市科委重大项目、上海市农业科技攻关重大项目等国家和省部级重要科研项目超过300 项，项目总经费超过3亿元。
李思发获“第三届中华农业英才奖”。王武获“新中国成立60周年‘三农’模范人物”称号。孟庆闻、藏维玲获“新中国成立以来上海百位杰出女教师”称号。王道尊入选“中国水产营养与饲料三十年十大奠基人物”。2013年引进国家“杰青”陈良标。成永旭（2013）和陈良标（2014）入选 “百千万人才工程”国家级人选李家乐（2005）、严兴洪（2011）、成永旭（2015）先后获得“上海市领军人才”；李家乐（2006）、严兴洪（2007）、成永旭（2012）先后获得“上海市优秀学科带头人”。2014年度经科技部获批建设国家海洋生物科学国际联合研究中心，这是学校获得的首个国家级国际合作研究平台。
成果奖项方面，1978年获全国科学大会奖、1988年获国家自然科学三等奖、随后获得国家科技进步一等奖1项、国家科技进步二等奖7项，上海市科技进步一等奖9项。在公开学术刊物上共发表论文4543篇，其中SCI、EI 论文550篇，主编或参编专著81 部、教材51 部，授权国家专利427 项。
项目方面，1984 年我校主持上海市郊区池塘养鱼高产大面积试验项目，总结出一套行之有效易于推广的池塘养鱼大面积高产技术模式，为缓解市民“吃鱼难”做出贡献；上海市积极组织推广应用，使科技成果及时转化为生产力，该成果获1988 年度上海市科技进步奖一等奖、1989 年度国家科技进步奖二等奖和1990 年度农业部丰收奖一等奖。王武1984 年被评为上海市劳动模范、1990 年上海市“菜篮子”十佳科技功臣、2007 年全国优秀教师等荣誉称号。
朱学宝和谭洪新设施渔业团队初步建立淡水鱼循环水养殖技术体系， 2006 年获上海市科技进步奖一等奖、江苏省科技进步奖三等奖、中国国际工业博览会最具技术交易潜力奖。
李家乐主持、李应森等参与完成的淡水珍珠蚌新品种选育和养殖关键技术项目2008 年获上海市科技进步奖一等奖。成永旭、王武等集成创新河蟹育苗和养殖过程中存在的关键问题，有力推动河蟹养殖的健康可持续发展。中华绒螯蟹育苗和养殖关键技术研究和推广项目2009 年获上海市科技进步奖一等奖、2010 年国家科技进步奖二等奖。
历时15 年选育，2000年育成团头鲂良种“浦江1 号”，这是世界上草食性鱼类首例选育良种。至2010 年，全国已经建立3 个以其为主产品的国家级良种场。培育出适合我国国情的优良品种，从1997 年起以“吉富品系”尼罗罗非鱼为基础群体， 9 年9 代选育，2005 年产生“新吉富”罗非鱼选育良种，这是我国近百种引进鱼类中首例具有自主知识产权的选育新品种。
针对水产种苗标准化需要，集成检测技术，把中国水产生物种质检测能力和技术提高到国际先进水平。先后制定《青鱼》《草鱼》《鲢》《鳙》《尼罗罗非鱼》《中华绒螯蟹》《中华绒螯蟹亲蟹苗种》《养殖鱼类种质检测》系列标准等国家标准。
社会服务中取得的亮点和经验
产学研合作开展渔业科技服务，李思发“十五年育一鱼”，培育成团头鲂良种和罗非鱼选育，不仅在学术上做出贡献，同时也促进了生产发展。中国团头鲂年产量稳定在55万吨左右，其中选用李思发选育的“浦江1号”良种者约占1/2，1年可增加产值达10亿元。
1998年，农业部批准在上海水产大学建设农业部渔业动植物病原库。2007年，国家发改委将其更名为国家水生动物病原库，是中国和亚洲第一个也是唯一一个水产培养物保藏机构。在实现资源共享、保护特色遗传物质、保护知识产权等方面均取得良好的社会效应，享有广泛的社会公信力和认知度。
参与援疆援藏和服务革命老区等中西部建设，在新疆冷水性人工鱼类繁育与养殖，云南设施渔业车间建设与推广，西藏亚东鲑技术开发，在黑龙江、辽宁、吉林、青海、宁夏、安徽、浙江、江苏等地，特别是陕西延安黄龙等革命老区的河蟹养殖等方面做了大量工作，有力推动了服务社会工作，产生显著的社会效益和经济效益。
2011年，上海海洋大学和我国台湾省苗栗县签订了中华绒螯蟹养殖科技合作协议，成永旭协助当地发展河蟹养殖产业，逐步探索形成苗栗河蟹养殖模式，实现规模化生产。
组建教授博士团开展富有成效的渔业科技入户活动。2005年，王武被聘为农业部全国渔业科技入户专家组首席专家，2006年李应森也被聘为该专家组成员，深入渔区生产第一线，指导水产养殖生产，受到高度评价。2007年王武、李应森分别荣获全国农业科技推广标兵的光荣称号。2006年起每年暑假期间组织有关教授、博士组建科技服务团，服务工作的范围从中东部扩大到中西部。科技入户服务工作取得良好成效，得到当地主管部门和广大渔民的充分肯定。利用假期参加科技服务“夏季行动”的教授、博士累计达240 人次，累计赴25 个省85 个县，在渔区举办112 期培训班，培训农民8295人次。
改革开放以来，水产与生命学院持续推进教学改革。在本科专业建设方面，学院先后增设了生物技术专业、环境科学专业、水族科学与技术专业、动物科学专业、园林专业和水生动物医学专业，改造提升了原有的水生生物专业、淡水渔业专业和海水养殖专业。目前学院拥有水产养殖学、水族科学与技术、水生动物医学、生物科学、生物技术和生物科学（海洋生物）专业等6个本科专业（含方向），其中水产养殖学本科专业2009被评为国家特色专业，2014年入选国家首批卓越农林人才教育培养计划改革试点，目前专业排名位列全国第2；水族科学与技术本科专业于2003年设立，为国内首创，14年入选国家首批卓越农林人才教育培养计划改革试点，目前专业排名位列全国第1；水生动物医学专业于2012年设立，为国内首创，目前专业排名位列全国第1。生物科学专业于2012年被评为上海市优秀专业。在研究生专业建设方面，1983年水产养殖专业首次招收硕士研究生，1997年水生生物学二级学科硕士专业首次招生，同年，学院与中国水产科学研究院开展联合研究生培养。2002年增设海洋生物学、动物营养与饲料科学和临床兽医学三个二级学科硕士专业，2006-2010年期间又陆续增设生物化学与分子生物学、环境科学、作物遗传育种、动物遗传育种与繁殖等二级学科硕士专业。目前学院保留有水产养殖、生物学、海洋生物三个学术型硕士专业和1个渔业专业硕士专业。博士专业方面，1994年开始与中国海洋大学联合培养博士，1998年获得水产养殖专业博士授予权，2000年获得水产一级学科博士学位授予权，2002年首批水产养殖专业博士生毕业，目前具有水产养殖和生物科学两个博士专业。
学院重视学生实践动手能力的培养。1982年投资建设滨海淡水养殖试验场，同时在浙江奉化湖头渡筹建海水养殖试验场。2007年浙江奉化湖头渡筹建海水养殖试验场置换给当地政府，2008年开建浙江象山海水养殖科教基地。2010年获批水产科学国家级实验教学示范中心。在一流学科和一流本科专业建设背景下，2017年水产养殖学本科专业在马拉西亚建立了首个海外实习基地，2018年首批10名本科学生赴马拉西亚GST公司开展为期3月的生产实习。2018年生物科学本科专业加入全国高校生物学野外实践教学联盟，首批4名同学和1名老师赴深圳参加中山大学主导的野外实践教学。自2016级开始，学院为卓越班优秀本科生开设个性化科研素养训练课，创设平台努力将学院学科优势转变成本科人才培养优势。
学院重视国际化教学合作，在水产养殖学本科专业国家专业综合改革试点和教育部首批卓越农林人才培养计划的支撑下，经过四年来的探索和实践，构建了多层次的国际化合作教学模式，包括：基于学分互认的中外双学位联合教学项目（与荷兰泽兰德大学的2.5+1.5本科双学位项目；与葡萄牙阿尔加夫大学的2+2本科双学位项目；与新西兰奥克兰大学的3.5+1.5本硕双学位项目；与澳大利亚JAMES COOK大学的2+1.5+1.5本本（硕）双学位项目；与亚洲理工学院的3.5+1.5本硕双学位项目；与加纳发展研究大学的2+2本科双学位项目）、基于“ERASMUS+学分”的中欧多边师生交流项目、基于项目研究的中荷学生双向交流项目、基于专业相关理论和技能培训的暑期游学和培训项目、基于学分认可的海外交流生项目、基于科研进展的海外名师讲座项目；并完善了学院国际化合作教学项目学生选拔和管理的办法。上述国际化合作教学模式的创建和实践，显著提升了学生出国升学的比例；明显增强了学生英语学习的兴趣和水平；提升了学生国际化视野、独立能力和心智；倒逼学院教师英语教育教学能力提升；促进了中外学术及文化的交流与合作；2017年水产养殖学本科专业入选上海市全英语教学专业，推进了我国水产养殖人才培养能力的输出，有力配合了国家一带一路战略，扩大我国水产养殖技术在全球的影响力。
学院积极开展教学研究，先后承担了国家教委“面向21世纪高等学校本科教学改革和实践---水产养殖（本科）人才培养方案及教学内容和课程改革的研究与实践”（1995）、教育部“本科教学工程”地方高校第一批本科专业综合改革试点（水产养殖学）（2013）、教育部农业部林业局第一批卓越农林人才教育培养计划改革试点项目“水产类拔尖创新型人才培养”（2014）、上海市高校本科重点教学改革项目“高校水产类创新人才培养机制研究”（2014）、上海市教委应用型本科专业建设（2017）、上海市教委农学类专业课程思政指导意见（2017）和上海高等学校一流本科建设引领计划项目“源起水产，汇入海洋，走向世界”一流本科专业与实践教学平台建设”（2018）等省部级教改项目。
改革开放以来，学院在教学上取得了丰硕的成果。鱼类学课程和鱼类增养殖学课程分别于2006和2008年获评国家精品课程，其中鱼类学课程为国家水产类专业第一门国家精品课程；水生生物学（2004）、养殖水化学（2007）、生物饵料培养（2009）和水产动物营养与饲料（2018）4门课程获评上海市精品课程。普通生态学、动物学、生物信息学获评上海市全英语教学示范课程。学院教授积极参编水产类专业教材，累计主编国家统编教材60多本，其中鱼类比较解剖（1992）、水产动物疾病学（1995）、海藻栽培学（1990）、鱼类育种学（2005）、生物饵料培养（2008）、甲壳动物学（2011）、渔药药理学（2014）、池塘养鱼学（2015）等分别获得了国家级优秀教材、高等农业院校优秀教材、上海市优秀教材等荣誉。学院先后9次获得上海市教学成果一等奖（鱼类学学国家精品课程建设的探索与实践2009）、上海市教学成果二等奖和三等奖。2009年鱼类学课程教学团队被评为上海市教学团队。王武教授获全国优秀教师称号（2007）、新中国成立60周年三农模范人物（2009）、上海市教学名师（2006）；李思发教授获全球水产养殖联盟终身成就奖（2008）；李应森获上海市模范教师（2009）；臧维玲（2003）、唐文乔（2009）等获上海市教学名师；魏华（2004）、江敏（2007）、蔡生力（2009）、黄旭雄（2016）获上海市育才奖。
改革开放以来，学院为我国的水产养殖视野培养了大批专业人才。学院各本科专业累计培养本科生近8000名，研究生近3500名，留学生50多人。目前，大量校友活跃在相关产业的生产、管理、科研等岗位上，发挥积极的作用。