9月12日上午，2020年秋季新学期中层干部会议在军工路校区召开，会议传达了上级会议文件精神，并就下半年重点工作作了部署。全体校领导、中层干部和民主党派主委参加会议，校党委书记吴嘉敏主持会议。会议以视频会议形式举行，分别在军工路校区、临港校区设立分会场。
吴嘉敏讲话时强调，全校上下要深入学习贯彻习近平总书记给涉农高校回信精神以及在科学家座谈会上重要讲话精神，统一思想、提高认识、凝聚力量，把习近平总书记的殷切期望转化为推动学校教育改革发展的强大动力。他强调，秋季学期工作要理清思路、明确方向，统筹推进疫情防控和事业发展；立足实践着眼长远，全力以赴完成年度工作任务；坚持党的领导深化党的建设，确保学校发展行稳致远。他指出，要聚焦根本性问题，扎实补齐短板，以更有力、更有效的举措推动学校发展。要聚焦关键性变量，抢占发展先机，敏锐把握形势变化，让政策效应最大化。要聚焦战略性任务，打造核心竞争力，深入思考事关长远发展的战略性问题，力争关键领域取得突破。他要求，持续强化理论武装，抓牢立德树人根本，做好“三全育人”示范校创建工作。加强队伍建设，激励干部担当作为，用足用好人才政策。深化党委主体责任落实，强化风险防范意识，守牢安全稳定底线。
校长程裕东以“鼓足干劲、锐意进取，全力做好常态化疫情防控要求的教育教学和校园运行，高质量完成年度目标任务”为主题，紧密结合上级2020年秋季学期教育教学和疫情防控工作要求和上海高校党政负责干部会议精神，就2020年秋季学期工作作了部署，聚焦学科建设、研究生培养、人才强校、分类评价、支撑保障等领域明确了29项重点工作任务。他强调，要全力推进“十三五”规划收官，高水平编制好“十四五”规划。以评促建，以评促管，牢牢把握“双一流”建设和地方高水平大学建设的战略机遇，持续推进学校转型发展、格局创新、能力提升。落实立德树人根本任务，全面提高人才培养质量，推进“三全育人”与“五育并举”有机融合，构建德智体美劳全面培养的教育体系。完善常态化疫情防控校园运行机制，推进大学治理体系治理能力现代化，周密细致做好开学准备工作，做好师生关心关爱工作，加强校园安全管理，全力维护校园安全稳定。
会上，党委副书记、纪委书记何雅，党委副书记、副校长闵辉，党委副书记吴建农，副校长李家乐，总会计师郭爱萍，副校长万荣，党委常委郑卫东分别就分管领域工作进行了部署。