上海海洋大学的科研创新能力持续提高，学术影响力显著提升。水产学科相关研究团队针对南极鱼类、鲆鲽鱼类、草鱼、团头鲂、河蟹、三角帆蚌等产业主推养殖品种的生长发育、环境适应性等相关基因进行深入研究，取得重大突破和重要进展。
陈良标团队首次验证透明带蛋白(ZPs)作为卵绒毛膜组成部分，通过在卵周围形成保护性基质起到保护南极鱼卵在南极低温海水中正常孵化的功能；鲍宝龙团队首次揭示比目鱼眼睛移动是由眶下细胞分裂推动，发现光传导通路调控眼睛移动和体色左右不对称，打破国外科学家长期占据主流的理论，进入该领域世界前沿；陆颖团队发现鱼类性染色体进化的基因组学和细胞学证据，揭示性染色体可能起源于常染色体融合，证明发生在鱼类中的这次染色体融合现象，对于脊椎动物性染色体的演化具有关键作用，同时首次从分子生物学层面解释草鱼适应草食性的分子机制；李家乐团队首次报道24个与珍珠形成密切相关的三角帆蚌基质蛋白；邹曙明团队成功解决团头鲂不耐低氧的科学问题；邱高峰团队开展河蟹蜕壳周期内肝胰腺表达谱的比较分析，揭示蜕壳间期是能量储存过程，为下一次蜕壳和生长积累营养物质这一发育和能量代谢规律；王成辉团队通过不同体色类型瓯江彩鲤的全基因组重测序和转录组测序，鉴定与鱼类体色形成密切相关的功能基因。
水产基础科学研究，大大改善了水产生物非模式物种由于遗传背景复杂、物种间差异较大导致的基础研究不足，同时又充分体现水产学科面向行业发展的应用科学研究需求，相关成果具有突出的产业适用性，与生产实践紧密结合。依托水产生物功能性基因的基础研究，2016年以来，选育出4个经农业农村部审定的水产新品种，为“海洋强国”“粮食安全”“蓝色粮仓”等国家战略部署提供一定支撑。