上海海洋大学积极响应习近平总书记“两山”理论，处理和改善上海及周边水生态环境，变污流为水景，让万千市民受益。2018年与浙江省海洋与渔业局、丽水市人民政府签署三方战略合作协议，开展生态渔业研究。对接国家长江大保护战略，2018年设立“长江水域生态保护战略研究中心”，开展长江大保护战略研究。
习近平总书记在浙江工作期刊曾多次深入丽水调研，并曾题写“绿水青山，就是金山银山，对丽水来说尤为如此”。2018年起，学校在丽水开展尾水处理、稻渔综合种养、大鲵食品加工、水库保水洁水渔业等生态渔业服务，为丽水编制具有创新性、前瞻性，符合当地渔业特色，凸显丽水生态优势的渔业绿色发展规划，为绿色渔业提供了典型样板。
由于历史原因，长江经济带成为我国水环境问题最为突出的地区之一。2017年起，学校团队对长江流域9个省、直辖市的32个市区县开展专题调研，进行捕捞渔船退捕转产情况摸底和数据统计，提交并被采纳决策咨询报告10余份。2018年，与农业农村部长江流域渔政监督管理办公室共同设立“长江水域生态保护战略研究中心”，研究长江大保护需求下的长江水域生生物资源养护、水域生态环境保护及修复的战略决策、政策、法律、规划、制度和措施，为长江生态文明建设提供智力支撑。开展刀鲚、凤鲚、鳗苗、中华绒螯蟹资源评估及专项捕捞退出机制研究、《长江水生生物保护管理规定》立法研究、长江流域休闲垂钓专项管理研究和绿色生态保护背景下长江流域湖泊自然资源集约利用模式及其政策需求研究，提交报告均为农业农村部采纳，为国家出台长江流域重点水域退捕、专项捕捞退出、长江流域休闲垂钓管理等政策提供重要支撑。2018年，学校参与项目“长江口重要渔业资源养护技术创新与应用”获国家科技进步奖二等奖。
学校将继续践行“两山”理论，开展科技创新、政策研究与技术推广，助力美丽中国建设。